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科技部本次修正重點摘要如下：
- 為強化主導合作企業於企業聯盟之主導性，增訂主導企業以金錢支付之配合款，須達該企業總配合款之百分之四十之規定(修正第八點)。
- 參考本部104年8月20日修正之「科技部補助產學合作研究計畫作業要點」，修正研究主持費編列規定。(修正第八點)。
- 配合本部104年7月9日修正「科技部補助專題研究計畫助理人員約用注意事項」，酌修研究人力費相關文字(修正第八點)。
- 主導企業配合款下限由五千萬元調降為二千萬元，使較多國內潛在優質企業符合資格，以提升計畫申請率，並配合刪除其他參與合作企業配合款合計每年應達三千萬元以上之規定，以衡平主導企業與其他參與合作企業之權責，並賦予更大的彈性(修正第十六點)。
